Попробуйте Улучшенный Импорт Товаров

Добрый день.
Для такого случая единственное решение это сначала обнулить текущие остатки по этому поставщику, а затем залить новые из актуального файла от поставщика. Опция “Уменьшить количество товаров до нуля” бесполезна.