В админке есть расширенный поиск, и можно настроить так, чтобы отображались только “Позиции в каталоге”. Потом сделать сохранённый поиск и работать с ним.
Отображаем мы все вариации потому, что так удобнее им менять цену и количество (или смотреть её). Если бы мы спрятали их по умолчанию, то возникали бы вопросы, как их найти. Думаю, изначально их логичнее показывать.
Остальные вопросы пока не трогал, т.к. некоторые моменты надо обсуждать с разработчиками и уточнять какие-то моменты (сложность реализации и пр.) Как только будут ответы, напишу.