Прощу все таки как-то продумать вопрос назначения главной вариации признаком, а не просто порядковым номером при импорте.
Но даже в текущей реализации есть баг. Если группа вариаций уже существует в магазине и я в импортируемом файле меняю главную вариацию, то при импорте главная вариация в магазине не изменяется. Нужно полностью удалять товары вариаций и импортировать снова, тогда естественно главная вариация будет новая уже.