Вышла 4.10.1 RC1 — попробуйте новую версию до официального выхода

[ikoshkin]

@dezil

В текущей реализации первая вариация в файле импорта является главной?

Пока всё так же, как описано тут:

Вариации 2.0 в CS-Cart 4.10.1

У новых товаров при импорте первая вариация становится основной.