Это частый вопрос, но мы работаем в экосреде CS-Cart (логика наследования логотипа продавцу из логотипа темы - это из платформы, а не из темы). Мы всегда рекомендовали обращаться к команде разработчиков ядра поправить эту логику и брать лого из логотипа магазина (настроек) - больше обращений, больше веростяность изменений.
Вот наше обращение разработчикам Лого для вендора мультивендора
Как временное решение, мы советуем заменять логотип (файл без изменения имени) по фтп своим содержимым (например каким то своим логотипом).