Настройки CommerceML вынесли в отдельную секцию Администрирование → Синхронизация данных это нужно для корректной работы мультивитринности, и в целом мы стараемся весь процесс работы с данными собрать в одном месте.
Со складами, есть такое, мы не будем больше их допиливать, это очень дорогая и сложная в сопровождении фишка, не окупается она. В скором времени просто уберем тег Бета.
По CommerceML будем ли менять архитектуру и заново перепиливать, зависит от обратной связи тех кто будет им пользоваться. Я надеюсь что мы на старте все корректно спроектировали, и что то перепиливать не придется.